ヴィルヘルム・フリードリッヒ・ペッファー（1845年3月9日 - 1920年1月31日）はドイツの植物生理学者。グレーベンシュタイン生まれ。

ゲッチンゲン大学で、フリードリッヒ・ヴェーラーやヴィルヘルム・ヴェーバー、ルドルフ・フィティヒなどに学び、その後マーブルク大学、ベルリン大学でも学びました。

ベルリン大学ではアレクサンダー・ブラウンのもとで学び、プリングスハイム（Nathanael Pringsheim）の助手となり、後にヴルツブルク大学で植物生理学のユリウス・フォン・ザックスの助手となりました。